Czasami, aby spółka mogła wejść w reżim estońskiego CIT musi dokonać reorganizacji. Powodem jest to, że tylko proste struktury mają możliwość wyboru tego typu opodatkowania. Proste, czyli bez holdingów, spółek-córek i z osobami fizycznymi, jako jedynymi wspólnikami. Okazuje się, że niektóre reorganizacje podejmowane w celu wyboru eCIT mogą być uznane za niedozwolone.

Spółki w estońskim CIT nie mogą być właścicielami innych spółek. Jak zatem spółka będąca w estońskim CIT może kupić inną spółkę? Czy jest możliwe, aby spółka nabyła udziały innej spółki i zachowała prawo do eCIT? Choć pozornie wydaje się, że nie ma takiej możliwości, są rozwiązania, które, choć nie w sposób bezpośredni, umożliwiają „zjeść ciasteczko i mieć ciasteczko”.

Przykład dotyczący możliwości wejścia w estoński CIT po przekształceniu jednoosobowej działalności gospodarczej.

Porównanie obciążeń (podatkowych oraz ZUS) działalności prowadzonej w formie spółki cywilnej do te samej działalności, ale prowadzonej w formie spółki z o.o. opodatkowanej estońskim CIT.

Porównanie obciążeń (podatkowych oraz ZUS) działalności prowadzonej w formie spółki cywilnej do te samej działalności, ale prowadzonej w formie spółki z o.o. opodatkowanej estońskim CIT, w której wynagrodzenie jest wypłacane wspólnikom również na podstawie art. 176 KSH.

Przykład z wyliczeniem efektywnego obciążenia podatkowego dla spółki z o.o., która wypłaca całości osiągniętego zysku.